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博古通今，知识渊博
作为王阳明的“心学”传人，王崇炳的学术造诣首先表现在“致良知”、“知行合一”等哲学命题方面。自王阳明倡导“知善知恶是良知，为善去恶是格物”，用反求内心的修养方法，来达到“万物一体”境界的“致良知”学说，以及强调身体力行、知行并进的“知行合一”理论以来，弟子们纷纷著书立说，起而继之。杜惟熙在《悔言录》再三强调，“良知”是本体，“即吾心未发之中”，“何所不有”，存在于每个人的内心之中。而“吾心”“贵有主，有主虚而实。实则不落空，虚则不着物。此是天然体，正须自默识。”陈其蒽直截了当指出，“人事皆己事也。做得一件好事，劝得一个好人，便是山居中尧舜、君民事业”，颇有王艮“泰州学派”“与人为善、乐在其中”，人人都能成圣贤的思想气概。赵忠济劝导学生“反诸切实平易，当下便可着脚，从善信以及圣神。只此一条鞭做去，其理则先圣后贤所不易，其心则天地鬼神所共契，其事则愚夫愚妇所共能。以之修身齐家、治国平天下，俱不外此”，自然能成就一番人生事业。师承有绪的王崇炳一方面在《广性理吟》一书中，“以唐人制举之体，诠宋儒理性之学”，如其反映“心统性、情”的“心”诗称，“人生有两大，有物宰其中。触境情方动，根天性自通。一灵涵众妙，兼照摄无穷。”继承了先师们“吾心即良知”的哲学命题，另一方面谆谆告诫学生们，“学人以敦修实行为本”，“不向自身体认，终日辨朱（熹）辨陆（九渊），主此奴彼，徒张口说以顺世好，于躬修上毫无增长”，必须如宋儒利元诚、司马光、邵雍一样，“学做人自不妄语始”；“生平无事不可对人言，自不妄动始”；“清天白日，自不念始”。强调“读书人先要养气”，“极得意时无喜色，极不得意时无愠色”。如果取得一官半职，“以爱己之心爱人”，“办一条好心肠”，这样才能“为君则泽被天下、督抚则泽及郡省、守令则泽及郡县”，“大以成大，小以成小”，做出一番惊天动地的丰功伟绩。
被学者们誉推为“文足羽翼先儒，行堪楷模后学”的王崇炳，对于古典的儒家经书、传统的思想理论，也有很深的造诣和详细的研究。
在研读“四书五经”后撰写的60多篇《书筌随笔》中，王崇炳写下了自己的学习体会，如《论读〈诗〉之法》称，“古人读〈诗〉，不必拘拘于训诂”之义；而“古人释〈诗〉，触绪心通，皆归本旨”。《不但释〈诗〉，且以论〈易〉》解释道，《易经》“或取卦象而系辞，或取卦德而系辞，或以天地日月山水为象而系辞，或以阴阳多寡进退内外上下交易互义取义而系辞”，所以“一爻一象，莫不活泼地随其拟议变化，妙道精义，其无穷”，绝对不能“拘文牵义”，望文生义，把活句变成死句。并辑录自己讲学四书五经之相关内容，“斟酌小注，删繁举要”，“溯其渊源，旁通曲鬯，以究极其归趣”，编著成《（〈大学〉、〈中庸〉、〈论语〉、〈孟子〉）四书口谈》一书，“其说理如日月出海，使人心开目朗；如红炉上一点雪，如大海之纳众流”，作为学生们研读经书的参考辅导资料。而在《五经源流》、《尚书古今文》、《尚书大小序》等论文中，王崇炳详细叙述了《诗》、《书》、《易》、《礼》、《春秋》的源流来由，并考证出《古文尚书》出于东晋人伪作，而其《大小序》则非后人伪作，否定了朱熹坚持的《大序》系“晋魏人作”的学术观点……经历过自己对“四书五经”的辨讹释疑过程后，王崇炳认为，训诂传注古代经书典籍，“心不可有主，有主则拘固而不通也”；同时“心也不可无主，无主则泛滥而无归也”。必须“深造诣极，婉转归己，默识潜玩”，多方体味，才能如宋朝学者一般，“躬行心得”，“平正通达而无弊”。替恩师毛奇龄撰写的《六经全集序》，借称赞毛奇龄注释六经的严谨作风之际，“求之宋儒之注而不合者，则以汉儒之疏证之”；“求之汉儒之疏而不合者，则还以六经之言，彼此援引以互证之”；“未尝另标一旨，设一义于六经之外“，王崇炳集中而概括地表达了自己的学术见解，在推崇宋儒、汉儒研究成果同时，治经尽可能以原文为主。
素有家学渊源的王崇炳还十分精通堪舆风水之学。其五世祖王燧宣称，“为人子者，不可不学地理。盖上而亲体之安危，中而家运之隆替，下而嗣续之盛衰，皆由于此，讵可忽乎？”于是“潜心地学，博览群书”，摘抄选龙穴、辨砂水等等堪舆风水资料，“去其繁而取其精”，编纂成“其法最为易简，俾人展卷可领，不至灏瀚无纪”的《地理纂要》一书。其父王良芳“性明敏，凡星相卜筮之书，多所涉猎。明地理，精克择，堪舆家言数十家叩之，应答如响”，并命王崇炳学习堪舆风水之术。王崇炳自学其术近二十年，经过实践勘察与书本知识结合，揉合传统思想与堪舆风水理论于一体，坚信“风水并非神授，古人不过以人情物理通之山水，以辨吉凶耳”，“登其门、观其人”，即可知其风水好环，如兄弟不和，必然风水龙虎相斗；为人残忍刻薄，一定形势形如仰瓦。所以在编纂了包括择穴星、望明堂、察水口等技术内容在内的《地理握要》一书后，王崇炳借父亲“所友数家”与自己朋友“自用其术，以为富贵可操券得”，最后却“不惟无福，而且受其祸”，或者身故仅留一子，或者绝后无嗣等史实，谆谆告诫后人，“凡人学术不精，必不可自命知地（理）”，否则“受误不浅”，贻害无穷。自己在兰溪等地讲学，仍然抽出时间，察看地方大姓郑氏祖墓的坐落位置，验证堪舆风水理论的正确与否。